根据对地球模型的观察，迦勒底的人们得知了人类将毁灭，而那一天除了迦勒底如今的御主藤丸立香以外，剩下47个被炸得都只剩下一口气了，外面的世界更是被烧掉了。
临危受命的最后一位御主，带着自己的同伴玛修·基列莱特穿梭于不同特异点，修复被扭曲的人类历史，使得人类的未来得以继续存在。
而就在最后一个特异点，人理即将修复完成，他们却遭遇了人类最大的敌人——怜悯之兽盖提亚，为了解除对方的不死性，迦勒底的那位指挥官脱了马甲炸了自己，以抹掉其自身存在为代价，再也没有回来。
为了将同伴给救回来，在迦勒底全员投票下，准备了两套方案。
一、制作虚假的名为“所罗门”的英灵皮给御主披上，通过不同人对于所罗门这一存在认可，从而重塑所罗门的灵基，使得原本的所罗门得以归来。
二、收集不同类型所罗门的卡，利用莎士比亚的宝具进行补正，可以让原本消失的所罗门重新被召唤。
由于各种原因，第一种方案失败了，迦勒底众人又进行了第二套方案。除去御主转世遇到的各种苦逼事情外，总的来说集卡那套方案成功了。
就在藤丸立香准备回归正常校园生活的时候，却被走到管制室的莎士比亚告知了一件事情。
“两个事情，一件好事，一件坏事，master想要先听哪一个？”
立香毫不犹豫道：“先说坏的那件。”
莎士比亚故意重重叹了口气，一脸悲痛道：“之前收集的卡片都不见了，需要您进行回收工作。”